中医的整体性思维与复杂性科学系统观高度一致

就指导思想和基本原理而言 ，西医可以被归结为还原论医学
，理论遵循形式逻辑和实验理性。中医是整体论医学，遵循辩证逻辑实践理性 。

还原论思想与近代自然科学的发展相一致：笃信整体由局部组成 ，高级运动由低级运动组成
。西医作为现代医学
，其基础理论建构在物理学 、化学
、生物学、人体解剖学 、心理学等坚实的科学基础之上，发展出病理学
、药理学以及内科外科妇科儿科等细分的一整套体系。对于大多数疾病的病因机制治疗原理已经可以从分子生物学层面得到解释 ，诊病治病从药物的分子式到受体细胞蛋白质结构都要一清二楚
，药物疗效还必须通过精心设计的双盲实验加以检验 。可检验可解释使得西医的科学性不容置疑。

中医诊病治病原则上是把个体的人看作一个整体生命体，人体各部分相互联系“相生相克” ，进一步把人与自然界也视为一个整体，将人体 健康 病痛与气候季节地理环境联系起来
，区分阴阳表里寒热虚实辨证施治
。中药基本是天然植物动物制品，故称“中草药 ”。有“丸、散 、膏
、丹、汤
”不同剂型 ，方剂“君臣佐使”配伍
，讲究平衡协调 。中医在药物之外还有更多非药物手段，针刺 、艾灸、拔罐
、刮痧、推拿 、按摩
、正骨等 ，根据经络穴位可以“头疼医脚、脚痛扎耳 ”
。中医还强调“药食同源
”
，预防保健“治未病”。

20世纪中叶以来，自然科学的发展